Пользователь с ником Spewfr собрал необходимые программы и написал инструкцию о том как можно перенести сэйвы игр с вашей PS2 на PS3. Набор утилит получил название PS2Classics Virtual Memory Card Tools.

1. Нужно скопировать любой PS2 сэйв с вашей PS3

Успешно запустите PS2classics хотябы один раз и сэйв будет создан.
На PS3 зайдите в "Saved data Utility (PS2)".
Выберите PS2Classics игру и скопируйте сэйв на USB диск.

2. Достаём сэйвы из PS2

Подключите карту памяти и внешний USB диск к вашей PS2 и запустите на ней uLaunchELF v4.11
Перейдите в mc0:/ или mc1 (mc0 это первый слот, mc1 - второй)
В этой директории должно быть много папок, например BASLUS-12345++.

Чтобы скопировать все сэйвы на внешний диск нажмите [КВАДРАТ]. Теперь на всех папках на карте памяти должны появится белые точки.
Нажмите [R1] и выберите "Copy".
Теперь выйдите из папки и войдите в mass:/.
Нажмите [R1] и выберите "psuPaste".

Теперь все сэйвы должны скопироваться на внешний.

3. Конвертируем сэйвы с PS2

Запустите MyMC из архива.
Выберите .PS2-файл.

Нажмите "File > Import..." и выберите PSU-файл соответствующий PS2Classics игре для которой вам нужно импортировать сэйв. (к примеру если id игры = PS2U23456, тогда вам нужно искать PSU вида BASLUS-23456XXXX.psu)

После импорта закройте MyMC и перейдите в папку с .PS2-файлов
Переименуйте .PS2 в .VMC

Откройте PS2Classics GUI и перейдите во вкладку Encrypt.
Выберите "Encrypt VMC". Выберите .VMC/.PS2 файл который вы только что переименовывали.
Сохраните .VME-файл который сделает программа.

4. Перекидываем новые сэйвы на PS3

Возьмите .VME-файл который вы только что сохраняли и скопируйте на USB в следующую папку:
/PS3/EXPORT/PS2SD/PS2UXXXXX/SCEVMC0.VME
Вместо X-ов должен быть ID вашей игры.

После копирования подключайте USB-шку в PS3.
Перейдите в "Saved data Utility (PS2)"
Затем выберите ваш USB диск и скопируйте сэйв на PS3.

Скачать PS2Classics Virtual Memory Card Tools v4 Final.

P.S. Честно говоря я не понял откуда Spewfr предлагает брать .PS2-файл в пункте номер 3. В оригинале написано что файл должен быть в архиве, но его там нет. Если кто разобрался - пишите.